电话会直接打给推荐人，不会打给申请人。
我的推荐人当时出差在外，电话通过总机转到了部门另一同事那儿（这位同事对我办移民的事毫不知晓），调查人在询问了同事的职位后，要求她将电话转到部门主管，好在她十分机敏，直接对调查人说这种事最好不要让主管知道，有什么事直接问她好了。调查人没有坚持，而这位同事美美地替我吹了一通，把我说成了系统设计分析大师，可我是按程序员申请的，为此也担心了一阵子。最后调查人还叮嘱她不要告诉我关于电话调查的事。
总的感觉是只要你的申请材料是真实的，则不必担心。无论电话打给你公司什么人，只要此人不是与你有仇，他/她当然会按自己对你的印象回答使馆调查，而这些回答通常都与你的材料相符，即使有个别出入使馆也不会看得太重，我认为使馆只是要调查你提供的材料是否基本属实，不会过多看重细节。