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我帮你搬一下砖。

本文发表在 rolia.net 枫下论坛“Lyons-Weiler describes himself as having been an “evolutionary biologist.” That made me curious. So I wandered over to his LinkedIn page. There, I learned that he did apparently earn a PhD in Ecology, Evolution & Conservation Biology from the University of Nevada, Reno in 1997. He then did a postdoctoral fellowship in Computational Molecular Biology at Penn State University from 1997-2000. So far, so normal.

Then he did have a faculty position at the University of Massachusetts Lowell from 1999 to 2002. Oddly enough, this seems to overlap somewhat with his time as a fellow at Penn State. Be that as it may, he didn’t last long there, only three years. This suggests to me that something odd happened. Usually, new faculty in the biomedical sciences is given around five years to acquire funding, become independent, and earn tenure. On the other hand, he says that he established “a Center for Bioinformatics, taught undergraduate & graduate courses (biology, genetics, bioinformatics)” and helped “researchers w/microarray data and developed web applications for high-throughput data analysis.” This does not sound like a tenure-track position, as there is no mention of independent research or running a lab. Lyons-Weiler then moved on to the University of Pittsburgh, where he remained for twelve years and in 2007 became director of the Bioinformatics Analysis Core there until the core closed in 2014, according to him due to state budget cuts.

Lyons-Weiler touts his career as a scientist to make it seem as though his antivaccine claims are more valid, even though they were not. ”

As Skeptical Raptor points out in their recent blog on Weiler:

“…nothing he has done is even peripherally related to vaccines.”

The blog goes on to discuss his qualifications as a “scientist”:

Using the term “scientist” to describe someone who hasn’t done real science, especially with respect to vaccines, seems strange. I want to see the first authorship on a body of papers where clinical trials, epidemiological studies, or basic scientific research are described and analyzed that focuses on vaccines. The anti-vaccine world might want to tout James Lyons-Weiler as a scientist, but he doesn’t do basic scientific research, so that is a title that is probably undeserved.

The vaccineswork blog is equally intrigued about Weiler’s mysterious past and has a theory:

“I have a pet theory that something happened at his last job and he had to leave in disgrace. Finding this niche, in the antivax world, is his last ditch attempt at making a living. “

To summarize James Lyons-Weiler has no qualifications in any field related to vaccines yet uses his PhD to make it seem like he does.

Of course, the “PHD” is right there on his Facebook “fan” page (ignore the old picture he uses from when Bush was in the White House):更多精彩文章及讨论,请光临枫下论坛 rolia.net
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  • 枫下沙龙 / 谈天说地 / 转:论文作者最后结论:“ #武汉肺炎 #2019新型冠状病毒nCoV 棘突锚蛋白中新插入片段与艾滋HIV-1 gp120和Gag的这种不可思议的相似性,不太可能是偶然的”。多么的胆大妄为!...我不知道该说些什么了!这种基因工程手段就是为了增强对人的感染! +1
    • 好像2015年外国科学家就劝告武汉所不要去改蝙蝠病毒,因为没有什么意义 +1
    • 我帮你搬一下砖。
      本文发表在 rolia.net 枫下论坛“Lyons-Weiler describes himself as having been an “evolutionary biologist.” That made me curious. So I wandered over to his LinkedIn page. There, I learned that he did apparently earn a PhD in Ecology, Evolution & Conservation Biology from the University of Nevada, Reno in 1997. He then did a postdoctoral fellowship in Computational Molecular Biology at Penn State University from 1997-2000. So far, so normal.

      Then he did have a faculty position at the University of Massachusetts Lowell from 1999 to 2002. Oddly enough, this seems to overlap somewhat with his time as a fellow at Penn State. Be that as it may, he didn’t last long there, only three years. This suggests to me that something odd happened. Usually, new faculty in the biomedical sciences is given around five years to acquire funding, become independent, and earn tenure. On the other hand, he says that he established “a Center for Bioinformatics, taught undergraduate & graduate courses (biology, genetics, bioinformatics)” and helped “researchers w/microarray data and developed web applications for high-throughput data analysis.” This does not sound like a tenure-track position, as there is no mention of independent research or running a lab. Lyons-Weiler then moved on to the University of Pittsburgh, where he remained for twelve years and in 2007 became director of the Bioinformatics Analysis Core there until the core closed in 2014, according to him due to state budget cuts.

      Lyons-Weiler touts his career as a scientist to make it seem as though his antivaccine claims are more valid, even though they were not. ”

      As Skeptical Raptor points out in their recent blog on Weiler:

      “…nothing he has done is even peripherally related to vaccines.”

      The blog goes on to discuss his qualifications as a “scientist”:

      Using the term “scientist” to describe someone who hasn’t done real science, especially with respect to vaccines, seems strange. I want to see the first authorship on a body of papers where clinical trials, epidemiological studies, or basic scientific research are described and analyzed that focuses on vaccines. The anti-vaccine world might want to tout James Lyons-Weiler as a scientist, but he doesn’t do basic scientific research, so that is a title that is probably undeserved.

      The vaccineswork blog is equally intrigued about Weiler’s mysterious past and has a theory:

      “I have a pet theory that something happened at his last job and he had to leave in disgrace. Finding this niche, in the antivax world, is his last ditch attempt at making a living. “

      To summarize James Lyons-Weiler has no qualifications in any field related to vaccines yet uses his PhD to make it seem like he does.

      Of course, the “PHD” is right there on his Facebook “fan” page (ignore the old picture he uses from when Bush was in the White House):更多精彩文章及讨论,请光临枫下论坛 rolia.net
    • 王广发曾经说过,一种抗艾滋病病毒的药物对他的治疗病情有效,只用了一天体温就降低,随后身体有所好转。这种药叫“洛匹那韦利托那韦片”,对其他病人是否有效,还有待观察。 +1
      • 我一直奇怪他的医生真的会精准的找到对症的药物? +2
        • 也许早就知道,所以对症下药 +3
      • 洛匹那韦/利托那韦
        常用的抗艾滋病用药,是由两种蛋白酶抑制剂洛匹那韦(lopinavir,没有单独制剂)和利托那韦(ritonavir)组成。在大部分的案例中,洛匹那韦/利托那韦是鸡尾酒疗法中的一部分,不过在少数案例中做为单一用药。利托那韦常常以小剂量的方式与蛋白酶抑制剂一同使用,因为属于同类,可以抑制蛋白酶抑制剂被肝脏酵素CYP3A4代谢,如此剂量便可以减低,防止副作用的发生。
      • 利托那韦,市面贩售药名为Norvir,是一种抗反转录病毒药物 ,和其他药物共同治疗艾滋病。[1] 这样的治疗方式被称作高效能抗反转录病毒疗法(HAART).
        -通常低剂量利托那韦会搭配蛋白酶抑制剂使用。 一般为口服使用[1]利托那韦最初被开发为HIV蛋白酶的抑制剂。 它是最复杂的抑制剂之一。 现在很少因其自身的抗病毒活性而使用它,但仍广泛用作其他蛋白酶抑制剂的增强剂。 更具体地说,利托那韦用于抑制通常会代谢蛋白酶抑制剂细胞色素P450-3A4(CYP3A4)的特定肝脏酶。[15] 该药物的分子结构抑制CYP3A4,因此低剂量可用于增强其他蛋白酶抑制剂。 这项发现已大大减少了蛋白酶抑制剂和HAART的不良反应,并提高了其疗效,它是由利物浦大学的研究人员于1997年在《艾滋病》杂志上发表的一篇文章中首次提出的。[16] 这种效果的确带来了代价:它还会影响许多其他药物的功效,从而使人们很难知道如何同时使用它们。
    • 这些反人类的家伙Go to hell +9
    • 我感觉还有一些未被证实公众不知道的信息,不然意大利禁6个月旅行,美国禁去过中国的外国人入国门,这些严厉措施太夸张了
      • 如果新冠状病毒是基因工程的产物,美国采取的关门措施就是合乎情理的了 +1
    • 查证了一下你说的,还真有其事
      武汉当地医生透露,正常艾滋病很容易感染病毒,但作为收治艾滋病人的武汉市金银潭医院,艾滋病人却鲜有被感染,这可能与应用抗艾滋药物洛匹那韦(克力芝)有关。
    • 真相快要浮出水面了 +1
      • 之前中国人都传阴谋论,怀疑美国造的生化武器密送到中国,意为毒害国人,70年代美国生化武器早已埋在地下,不可能。现在老外又说因为中国的基因工程。互相猜疑,只会深化种族矛盾。信都别信那些造谣
    • GP120
      • 信封糖蛋白GP120
        本文发表在 rolia.net 枫下论坛信封糖蛋白gp120
        GP120
        Pfam:PF00516
        InterPro IPR000777
        SCOPe 1gc1 / SUPFAM
        可用的蛋白质结构:
        信封糖蛋白GP120是暴露在HIV包膜表面的糖蛋白。它是由哈佛大学公共卫生学院的李敦厚教授和Myron“ Max” Essex教授于1988年发现的。[1] 120的名称来自其120 kDa的分子量。 Gp120对于病毒进入细胞至关重要,因为它在附着于特定细胞表面受体上起着至关重要的作用。这些受体是DC-SIGN [2]硫酸乙酰肝素蛋白聚糖[3],并且与CD4受体[4]有特异性相互作用,尤其是在辅助性T细胞上。与CD4的结合诱导gp120和gp41构象级联反应的级联反应的开始,从而导致病毒膜与宿主细胞膜融合。尽管存在范德华相互作用和氢键,但与CD4的结合主要是静电作用[5]。

        169-HIVEnvelopeGlycoprotein-4nco.jpg
        Gp120由HIV env基因编码,全长约2.5 kb,编码约850个氨基酸。[6]主要的env产物是蛋白gp160,其被细胞蛋白酶弗林蛋白酶切割成内质网中的gp120(〜480个氨基酸)和gp41(〜345个氨基酸)。[7] gp120核的晶体结构显示出一个组织,该组织具有一个外部结构域,一个相对于其末端的内部结构域以及一个桥接片。 Gp120通过与跨膜糖蛋白gp41的非共价键固定在病毒膜或包膜上。三个gp120和gp41在异源二聚体的三聚体中结合形成包膜刺,[8]介导与宿主细胞的附着和进入宿主细胞。


        内容
        1可变性
        2疫苗目标
        3比赛
        4艾滋病毒痴呆
        5另请参见
        6参考
        7进一步阅读
        8个外部链接
        变化性
        由于gp120在HIV-1进入CD4 +细胞的能力中起着至关重要的作用,因此其进化尤为重要。许多中和抗体与gp120可变区中的位点结合,因此将强烈选择这些区中的突变。[9]在HIV-1 M组中,env的多样性每年增加1-2%,并且可变单位在氨基酸序列长度的快速变化方面引人注目。 gp120变异性的增加导致病毒复制水平显着升高,表明感染了多种HIV-1变异体的个体的病毒适应性增加。[10]进一步的研究表明,潜在的N-联糖基化位点(PNGSs)的变异性还导致病毒适应性增加。 PNGS允许长链碳水化合物与gp120的高变异性区域结合,因此,作者推测env中PNGS的数量可能通过对中和抗体提供或多或少的敏感性来影响病毒的适应性。从gp120延伸出来的大碳水化合物链的存在可能会掩盖可能的抗体结合位点。[11]

        每次新感染后,病毒种群的增长都幼稚地探索了添加和消除PNGS的潜力界限。[12]尽管传播宿主已经产生了对gp120的中和抗体应答,但新感染的宿主仍缺乏对该病毒的免疫识别。序列数据表明,免疫初次宿主中的初始病毒变体具有很少的糖基化位点和较短的暴露可变环。这可能有助于病毒结合宿主细胞受体的能力。[13]随着宿主免疫系统产生针对gp120的抗体,免疫压力似乎选择增加糖基化,特别是在gp120暴露的可变环上。[14]因此,由于更高的聚糖密度促进了病毒逃避抗体的能力,从而促进了更高的病毒适应性,因此,在gp120上赋予更多PNGS的env插入可能会被病毒更耐受。[15]在考虑理论上可以改变多少PNGS密度时,由于可能会抑制gp120折叠,因此PNGS数量可能会有上限,但是如果PNGS数量大幅减少,则通过中和抗体就很容易检测到病毒。[12]因此,可能在低和高聚糖密度之间建立稳定的选择平衡。较少数量的大体积聚糖可提高病毒复制效率,而暴露环上的较高数量可通过伪装帮助宿主逃避免疫。

        gp120与中和抗体之间的关系是红皇后协同进化动力学的一个例子。相对于宿主免疫中和抗体的持续进化适应,病毒包膜蛋白需要持续的进化适应来维持适应性,反之亦然,从而形成一个共同进化的系统。[15]

        疫苗目标
        由于CD4受体结合是HIV感染中最明显的步骤,因此gp120是HIV疫苗研究的首批目标之一。然而,gp120的化学和结构性质阻碍了开发针对gp120的HIV疫苗的努力,这使抗体难以与其结合。由于gp120与gp41的结合松散,因此它也很容易从病毒表面脱落并被T细胞捕获。已鉴定出gp120糖蛋白中与gp120稳定连接至CD4的保守区,并已通过广泛中和的抗体IgG1-b12实现了恒定区的靶向。[16] [17]

        NIH在《科学》杂志上发表的研究报告报告了3种抗体的分离,这些抗体在gp120的CD4bs区中和了90%的HIV-1菌株,从而可能提供治疗和疫苗策略。 [1]但是,大多数结合gp120 CDbs区域的抗体不能中和HIV [18],而罕见的诸如IgG1-b12这样的抗体具有不寻常的特性,例如Fab臂的不对称性或它们的位置[19]。 [20]除非可以设计基于gp120的疫苗来引发具有强力中和的抗病毒特性的抗体,否则人们担心,突破性感染导致体液产生靶向gp120的CD4结合位点的高水平的非中和抗体会导致疾病进展更快。艾滋病。[21]

        竞争
        主要文章:进入抑制剂
        HIV与其靶细胞的初始结合过程中,蛋白gp120是必需的。因此,任何与gp120或其靶标结合的物质都可以在物理上阻止gp120与细胞结合。目前仅许可一种与辅助受体CCR5结合的药物Maraviroc,并且已在临床上使用。目前尚无针对gp120主要主要细胞相互作用伴侣CD4的药物获得许可,因为干扰免疫系统的这种中心分子会引起毒性副作用,例如抗CD4单克隆抗体OKT4。由于gp120高度的可变性和屏蔽性,因此针对gp120本身已证明极为困难。 Fostemsavir(BMS-663068)是小分子抑制剂BMS-626529的磷酸甲酯前药,它通过与病毒包膜gp120结合并干扰病毒与宿主CD4受体的结合来阻止病毒进入。[22]

        艾滋病痴呆
        HIV病毒蛋白gp120通过抑制弗林蛋白酶和组织纤溶酶原激活剂(负责将pBDNF转化为mBDNF的酶)的水平来诱导神经元细胞凋亡。[23] gp120诱导线粒体死亡蛋白(例如胱天蛋白酶),可能会影响死亡受体Fas的上调,导致神经元细胞凋亡。[24] gp120诱导神经元细胞中的氧化应激,[25]并且还可以激活STAT1并诱导神经元细胞中白介素IL-6和IL-8的分泌。[26]更多精彩文章及讨论,请光临枫下论坛 rolia.net
    • 文章又是发表在不需要同行审阅的冷泉港网站 bioRxiv, 各国科学家已经在下面指出其论文结论的草率与误导 +1
      • The paper is thus highly misleading in that it does not discuss the other blast hits to non HIV-1 related sources, The implications of the paper that 2019 - nCoV coronovirus has elements of HIV-1 virus inserted into it should be treated with scepticism
    • Gag
      • 组特异性抗原或gag是一种多聚蛋白,它含有一种轮状病毒的核心结构蛋白
        本文发表在 rolia.net 枫下论坛(除了花椰菜病毒科)。之所以这样命名是因为科学家曾经认为它具有抗原性。现在知道它是由内壳组成的,而不是外露的信封。

        所有正逆转录病毒gag蛋白都被蛋白酶(PR或pro)加工成MA(基质),CA(衣壳),NC(核衣壳)部分,有时甚至更多。[1]

        它包含gag-onc融合蛋白的一部分。


        内容
        1艾滋病毒
        1.1编号系统
        1.2转录和mRNA处理
        1.3毫安
        1.4 CA
        1.5 SP1
        1.6 NC
        1.7 SP2
        1.8页
        2内源性逆转录病毒
        3在其他病毒中
        4另请参见
        5外部链接
        6参考
        堵住艾滋病
        gag多蛋白
        身份标识
        生物HIV-1 M:B_HXB2R
        符号插科打ag
        UniProt P04591
        搜索
        编号系统
        按照惯例,HIV基因组按照HIV-1 M组B亚型参考菌株HXB2编号。[2]

        转录和mRNA加工
        病毒进入靶细胞后,病毒基因组整合到宿主细胞的染色质中。然后,RNA聚合酶II转录9181核苷酸的全长病毒RNA。 HIV Gag蛋白由HIV gag基因HXB2核苷酸790-2292编码。[2]

        基质蛋白
        HIV p17基质蛋白(MA)是一种17 kDa蛋白,具有132个氨基酸,包含Gag多蛋白的N端。它负责通过其高碱性区(HBR)与PI(4,5)P2相互作用,将Gag多蛋白靶向质膜​​。[3] HIV MA还与组装的病毒中的HIV跨膜糖蛋白gp41接触,并且确实在将Env糖蛋白募集到病毒出芽位点中起关键作用。

        一旦Gag在核糖体上翻译,Gag多蛋白就会在其N末端甘氨酸残基处被N-肉豆蔻酰基转移酶1肉豆蔻酰化。这是质膜靶向的关键修饰。以膜未结合的形式,MA肉豆蔻酰脂肪酸的尾巴被螯合在MA蛋白核心的疏水口袋中。[3]

        MA HBR对质膜PI(4,5)P2的识别激活了“肉豆蔻酰基开关”,其中肉豆蔻酰基从MA中的疏水口袋中挤出并包埋在质膜中。[3]与肉豆蔻酰开关激活平行(或可能与之同时发生),从质膜上提取PI(4,5)P2的花生四烯酸部分并结合在MA表面的通道中(这与以前被MA占据的通道不同) [3]然后,HIV Gag通过三种相互作用与膜表面紧密结合:1)MA HBR与PI(4,5)P2肌醇磷酸酯之间的相互作用; 2)挤压的Myristoyl尾巴之间的相互作用。 MA和质膜的疏水内部,以及3)PI(4,5)P2花生四烯酸部分和沿MA表面的疏水通道之间。

        衣壳蛋白
        p24衣壳蛋白(CA)是一种24 kDa蛋白,与未加工的HIV Gag多蛋白中MA的C末端融合。病毒成熟后,CA形成病毒衣壳。 CA具有两个公认的域,即C端域(CTD)和N端域(NTD)。 CA CTD和NTD在HIV出芽和衣壳结构中具有不同的作用。

        当使用蛋白质印迹测试来检测HIV感染时,p24与gp120 / gp160和gp41一起是测试的三种主要蛋白质之一。

        间隔肽SP1
        间隔肽1(SP1,先前为“ p2”)是介于CA和NC之间的14个氨基酸的多肽。 CA-SP1接头的切割是病毒成熟的最后一步,这使CA可以凝结到病毒衣壳中。 SP1在溶液中是非结构化的,但在极性较小的溶剂存在或多肽浓度较高的情况下,它采用的是α螺旋结构。[4]在科学研究中,CA(24 kDa)的蛋白质印迹可以通过25 kDa条带(未切割CA-SP1)的高度相对存在来指示成熟缺陷。 SP1在HIV颗粒装配中起着至关重要的作用,[4]尽管它的确切性质和SP1结构动力学的生理相关性尚不清楚。

        核衣壳蛋白
        HIV核衣壳蛋白(NC)是Gag多蛋白中的7 kDa锌指蛋白,在病毒成熟后会形成病毒核衣壳。 NC招募全长病毒基因组RNA到新生的病毒粒子。

        间隔肽SP2
        间隔肽2(SP2,以前称为“ p1”)是功能未知的16个氨基酸的多肽,可分隔Gag蛋白NC和p6。

        p6
        HIV p6是Gag多蛋白C端的6 kDa多肽。[5]它募集细胞蛋白TSG101(ESCRT-1的组成部分)和ALIX,以启动从质膜萌芽的病毒颗粒。 p6在成熟病毒中没有已知功能。

        内源性逆转录病毒
        人类内源性逆转录病毒K和人类内源性逆转录病毒-W副本均带有被广泛表达的通常受损的gag基因。推测它们参与多发性硬化症和其他神经系统疾病已有悠久的历史。[6]

        在其他病毒中
        Spumavirus gag蛋白
        身份标识
        符号Gag_spuma
        百富PF03276
        InterPro IPR004957
        可用的蛋白质结构:
        Spumaretrovirinae(例如P10405)和Metaviridae(例如P10405)的gag基因仅具有可识别的核衣壳部分。它还缺乏肉豆蔻酰化序列。[7]

        Spumaretroviral(SV)组特异性抗原与原肠胃恶性呕吐组特异性抗原相关,因为结构研究表明,N末端结构域的一部分与典型的衣壳蛋白具有功能和结构同源性。[8] SV组特异性抗原处理方法不像原肠胃恶性呕吐组特异性抗原;仅要求在C末端切割一个3kDa的微小片段,而其他高位部位通常效率低下。[9]

        也已知超病毒(MV,Ty3 /gypsy)组特异性抗原具有结构同源的衣壳蛋白。每个衣壳由540种蛋白质组装而成。与原逆转录病毒CA蛋白不同,它不需要显着成熟。[10]从超病毒gag中重新利用了动物活动调节的细胞骨架相关蛋白基因。[11]

        Caulimoviridae成员很少对其含衣壳的ORF进行gag分配,但CP-PRO-POL布局确实与规范的gag-pol设置相似。各部分是否粘在一起形成多蛋白取决于种属。更多精彩文章及讨论,请光临枫下论坛 rolia.net
    • 文章在哪里
      • here.
    • 转:印度科学家发现 #武汉肺炎 #新型冠状病毒 中有类似HIV病毒的插入部分,这从未在此前任何冠状病毒中发现过。这暗示了这种中国病毒可能是被设计出来的而非偶然产生。这也说明了之前的被感染者使用抗艾滋类药物有效的原因(以及他们为什么会想到使用这类药物)。 +2
    • 看来还会性交传染。这下糟了! +1
      • 华春莹谴责美国的旅行限制升级