该寺始建于1528年，但在1992年12月一场印度教徒大游行中遭夷为平地。事件导致全国多地发生暴动，约2,000人死亡，当中大部分是穆斯林。

部分激进的印度教徒认为，清真寺的遗址印度教重要神祇之一罗摩（Lord Ram）的出生地。他们声称，信奉伊斯兰教的莫卧儿帝国（Mughal Empire）君主巴布尔（Babur）在该处拆毁一座印度教古庙后，才兴建巴布里清真寺。