报道称，与陈水扁关系紧密的黄芳彦涉嫌替陈水扁与吴淑珍海外洗钱2.8亿（新台币，下同），2008年底逃亡美国后，主动供认帮吴淑珍保管75件珠宝钻石价值约1亿，2009年被台湾“特侦组”通缉名列“特侦缉字第1号”。

2009年3月18日台湾“特侦组”对黄芳彦发布通缉至2034年1月25日，黄87岁为止。此外，蔡正元与前立委邱毅曾在2016年爆料，指控黄芳彦捐给时任民进党当局候选人蔡英文政治献金4亿5000万元，以交换条件回台湾。但遭蔡英文及黄芳彦否认。