本文发表在 rolia.net 枫下论坛没有收取任何国家的赞助，收入是来自销售图片和书籍；同时，无国界记者也会针对西方国家进行过批评。而据星岛日报报导[来源请求]，2005年，罗勃·梅纳承认，无国界记者收受美国的金钱，但他认为“这完全没有问题”[来源请求]，因为无国界记者网站上清楚列明运作资金来源于美国、法国和一些西方国家的政府和政党机构资助，资助者包括美国国家民主基金会、开放社会基金会和自由古巴中心（英语：Center for a Free Cuba）[40]。无国界记者也被古巴同情者视为带有明显偏见地反对菲德尔·卡斯特罗。无国界记者也曾被指责支持伊拉克战争[41]。
无国界记者的一些项目项目被指带有不透明的政治关系运作，因此有人质疑该组织的中立性及政治目的[42]。
2002年，法国《世界外交论衡月刊》刊登一篇名为“政变无国界”的报道，无国界记者两名驻委内瑞拉成员都支持2002年委内瑞拉政变，反对委内瑞拉总统乌戈·查韦斯；又称2002年1月无国界记者发布声明稿要求查韦斯“不要再对媒体作恶毒攻击”，却只字不提委内瑞拉右翼媒体针对查韦斯的歪曲报道，亦对委内瑞拉右翼媒体参与2002年委内瑞拉政变视若无睹[43]。
2005年，加拿大驻古巴记者Jean-Guy Allard撰写《El expediente Robert Menard》一书指控，无国界记者接受美国中央情报局与自由古巴中心资助，所以经常高调针对古巴。美国独立记者戴安娜·巴拉赫娜（Diana Barahona）、宾州爱丁博罗大学（Edinboro University of Pennsylvania）教授Luciana Bohne等同情古巴者也指控，无国界记者收受中情局资助。无国界记者发出新闻稿，承认自2002年起接受自由古巴中心资助每年6.4万欧元、自2005年起接受美国国家民主基金会资助每年3.5万欧元，宣称美国国家民主基金会的拨款仅用于协助非洲记者，又指两者资助总额只占无国界记者预算2.5%。一些无国界记者成员、尤其是德国及西班牙支部成员认为，无国界记者不应再接受上列资助；梅纳尔却认为，如果无国界记者放弃上列资助，等于间接承认“那些出于反美的”指控[43]。
2008年4月，法国社会党参议员让-吕克·梅朗雄指控，无国界记者收受美国右派资金，虽然宣称捍卫世界各地记者权益，实际上只特别“关心”美国讨厌的国家，不关心欧美国家的新闻自由；在美国本土，无国界记者唯一声援的美国记者是因披露中央情报局情报员姓名、拒绝透露消息来源而入狱的《纽约时报》记者朱迪思·米勒。《费加罗报》记者艾瑞克·泽穆尔（Eric Zemmour）在电视上指控，无国界记者“受雇于中情局”。梅纳尔驳斥梅朗雄的指控，批评梅朗雄是“典型法国麻烦小政客”、“特别喜欢专制政权”，又称泽穆尔只是重复一些在网络上传来传去、并无实质证据的指控。梅纳尔坚称，无国界记者也有批评美国的盟友沙特阿拉伯，并非只针对美国不喜欢的国家[43]。
印度学者艾伦·希拉瓦斯特瓦（Arun Shivrastva）等合著之《NGO与颜色革命》（Helping or Hurting）一书调查，称无国界记者、国际特赦组织等国际组织本质一样[44]，以非政府组织外衣为西方利益服务和输出西方意识形态，因为采取双重标准。
2006年，美国独立记者戴安娜·巴拉赫娜（Diana Barahona）于美国左翼双月刊《CounterPunch》刊登一篇调查报导，指涉无国界记者长期接受美国国家民主基金会与中央情报局的资金，无国界记者的人权报告必须经过美国政府的指引和审核[45]。然而，2005年《卫报》指出，所有相关指控的新闻报导，皆只有引用此名记者写的文章为证，事实与否令人质疑。[46][47]
2020年11月18日，针对中华民国国家传播通信委员会（NCC）委员会议决议拒绝中天新闻台换照，无国界记者声明，NCC决议影响相关员工令人遗憾、但不侵害新闻自由，“新闻自由并不是指毫无管制；需要相关管制及民主的控制，才能有效发挥其效用，而不是被滥用”[48]。其后，联合报记者李光仪根据无国界记者台湾分会官网原公开名单显示，除了海外民运人士吾尔开希外，成员多为中华民国政府所辖下中央社、公视，或亲绿媒体如自由时报的媒体人，指责无国界记者不中立；无国界记者称，该名单的所有人士皆不涉及无国界记者东亚办事处之运作。[49]；11月19日，无国界记者组织台湾分会官网撤下组织架构页面，放上东亚办事处首席执行官艾玮昂之声明。[50]。中国时报引述无国界记者东亚办事处首席执行官艾玮昂表示，先前台湾分会的声明尚未获得总部认可，台湾分会的董事们与声明、撰写过程全然无关[51]。无国界记者称，艾玮昂之原意为，台湾分会之董监事与东亚办事处之运作无涉，并且无国界记者之声明只由艾玮昂负责，声明也确实为无国界记者东亚办事处发出并有经过总部同意，东亚办事处与台湾分会则为完全不同的组织。中天电视声明稿反驳，无国界记者的说法有不实之处，广播频谱并非有限资源，电视广播服务应由市场机制调节.更多精彩文章及讨论，请光临枫下论坛 rolia.net
无国界记者的一些项目项目被指带有不透明的政治关系运作，因此有人质疑该组织的中立性及政治目的[42]。
2002年，法国《世界外交论衡月刊》刊登一篇名为“政变无国界”的报道，无国界记者两名驻委内瑞拉成员都支持2002年委内瑞拉政变，反对委内瑞拉总统乌戈·查韦斯；又称2002年1月无国界记者发布声明稿要求查韦斯“不要再对媒体作恶毒攻击”，却只字不提委内瑞拉右翼媒体针对查韦斯的歪曲报道，亦对委内瑞拉右翼媒体参与2002年委内瑞拉政变视若无睹[43]。
2005年，加拿大驻古巴记者Jean-Guy Allard撰写《El expediente Robert Menard》一书指控，无国界记者接受美国中央情报局与自由古巴中心资助，所以经常高调针对古巴。美国独立记者戴安娜·巴拉赫娜（Diana Barahona）、宾州爱丁博罗大学（Edinboro University of Pennsylvania）教授Luciana Bohne等同情古巴者也指控，无国界记者收受中情局资助。无国界记者发出新闻稿，承认自2002年起接受自由古巴中心资助每年6.4万欧元、自2005年起接受美国国家民主基金会资助每年3.5万欧元，宣称美国国家民主基金会的拨款仅用于协助非洲记者，又指两者资助总额只占无国界记者预算2.5%。一些无国界记者成员、尤其是德国及西班牙支部成员认为，无国界记者不应再接受上列资助；梅纳尔却认为，如果无国界记者放弃上列资助，等于间接承认“那些出于反美的”指控[43]。
2008年4月，法国社会党参议员让-吕克·梅朗雄指控，无国界记者收受美国右派资金，虽然宣称捍卫世界各地记者权益，实际上只特别“关心”美国讨厌的国家，不关心欧美国家的新闻自由；在美国本土，无国界记者唯一声援的美国记者是因披露中央情报局情报员姓名、拒绝透露消息来源而入狱的《纽约时报》记者朱迪思·米勒。《费加罗报》记者艾瑞克·泽穆尔（Eric Zemmour）在电视上指控，无国界记者“受雇于中情局”。梅纳尔驳斥梅朗雄的指控，批评梅朗雄是“典型法国麻烦小政客”、“特别喜欢专制政权”，又称泽穆尔只是重复一些在网络上传来传去、并无实质证据的指控。梅纳尔坚称，无国界记者也有批评美国的盟友沙特阿拉伯，并非只针对美国不喜欢的国家[43]。
印度学者艾伦·希拉瓦斯特瓦（Arun Shivrastva）等合著之《NGO与颜色革命》（Helping or Hurting）一书调查，称无国界记者、国际特赦组织等国际组织本质一样[44]，以非政府组织外衣为西方利益服务和输出西方意识形态，因为采取双重标准。
2006年，美国独立记者戴安娜·巴拉赫娜（Diana Barahona）于美国左翼双月刊《CounterPunch》刊登一篇调查报导，指涉无国界记者长期接受美国国家民主基金会与中央情报局的资金，无国界记者的人权报告必须经过美国政府的指引和审核[45]。然而，2005年《卫报》指出，所有相关指控的新闻报导，皆只有引用此名记者写的文章为证，事实与否令人质疑。[46][47]
2020年11月18日，针对中华民国国家传播通信委员会（NCC）委员会议决议拒绝中天新闻台换照，无国界记者声明，NCC决议影响相关员工令人遗憾、但不侵害新闻自由，“新闻自由并不是指毫无管制；需要相关管制及民主的控制，才能有效发挥其效用，而不是被滥用”[48]。其后，联合报记者李光仪根据无国界记者台湾分会官网原公开名单显示，除了海外民运人士吾尔开希外，成员多为中华民国政府所辖下中央社、公视，或亲绿媒体如自由时报的媒体人，指责无国界记者不中立；无国界记者称，该名单的所有人士皆不涉及无国界记者东亚办事处之运作。[49]；11月19日，无国界记者组织台湾分会官网撤下组织架构页面，放上东亚办事处首席执行官艾玮昂之声明。[50]。中国时报引述无国界记者东亚办事处首席执行官艾玮昂表示，先前台湾分会的声明尚未获得总部认可，台湾分会的董事们与声明、撰写过程全然无关[51]。无国界记者称，艾玮昂之原意为，台湾分会之董监事与东亚办事处之运作无涉，并且无国界记者之声明只由艾玮昂负责，声明也确实为无国界记者东亚办事处发出并有经过总部同意，东亚办事处与台湾分会则为完全不同的组织。中天电视声明稿反驳，无国界记者的说法有不实之处，广播频谱并非有限资源，电视广播服务应由市场机制调节.更多精彩文章及讨论，请光临枫下论坛 rolia.net